| 黒髪町地区及び宿舎 | 施設部長 | 文学部、教育学部(附属学校を除く。)、法学部、大学院教育学研究科、大学院人文社会科学研究部、大学院社会文化科学教育部及び永青文庫研究センター | 教育研究支援部人社・教育系事務課長 |
| 理学部、工学部、情報融合学環、大学院先端科学研究部、大学院自然科学教育部、産業ナノマテリアル研究所、先進軽金属材料国際研究機構、半導体・デジタル研究教育機構、くまもと水循環・減災研究教育センター及び先進マグネシウム国際研究センター | 教育研究支援部自然科学系事務課長 |
| 附属図書館 | 教育研究支援部図書館課長 |
| 学生支援部及び大学教育統括管理運営機構(大学教育統括管理運営機構附属多言語文化総合教育センターを除く。) | 学生支援部教育支援課長 |
| 保健センター、学生会館、学生寄宿舎、大江総合グラウンド及び艇庫 | 学生支援部学生生活課長 |
| 大学教育統括運営機構附属多言語文化総合教育センター及び国際交流会館 | 学生支援部国際教育課長 |
| グローバル推進機構 | 経営企画本部課長 |
| 環境安全センター | 施設部施設マネジメント課長 |
| 研究開発戦略本部、インキュベーションラボラトリー、ベンチャービジネスラボラトリー、オープンイノベーションセンター及びSOIL(Semiconductor Open Innovation Laboratory) | 研究・社会連携部産学連携推進課長 |
| 五高記念館及びキャンパスミュージアム推進機構 | 研究・社会連携部社会共創推進課長 |
| 埋蔵文化財調査センター | 施設部施設企画課長 |
| 職員宿舎 | 施設部施設企画課長 |
| 新南部農場 | 管理権原者が指名する者 | | |
| 附属幼稚園 | 附属幼稚園教頭 | | |
| 附属小学校 | 附属小学校教頭 | | |
| 附属中学校 | 附属中学校教頭 | | |
| 附属特別支援学校 | 附属特別支援学校教頭 | | |
| 附属教育実践総合センター | 附属教育実践総合センター長 | | |
| 本荘北地区 | 病院事務部長 | 本荘北地区(医学部以外) | 病院事務部経理課長 |
| 本荘北地区(医学部) | 生命科学系事務部医薬保健学系事務課長 |
| 本荘中地区 | 生命科学系事務部長 | 本荘中地区 | 生命科学系事務部生命科学先端研究事務課長 |
| 本荘南地区及び大江地区 | 生命科学系事務部長 | 本荘南地区 | 生命科学系事務部医薬保健学系事務課保健学事務チーム副課長 |
| 大江地区 | 生命科学系事務部医薬保健学系事務課薬学系事務室副課長 |
| 地域共同ラボラトリー | 管理権原者が指名する者 | | |
| くまもと水循環・減災研究教育センター合津マリンステーション | 管理権原者が指名する者 | | |